Verklarend onderzoek kan worden getypeerd met een vraagstelling als: "Hoe komt het dat ....." De gedachte die daar achter zit, is dat de kenmerken van de nieuwe situatie veranderd zijn ten opzichte van de oude situatie en dat dat te wijten is aan een gebeurtenis. Bijvoorbeeld: bij een dokter komen twee zieke patiënten. De een krijgt medicijnen toegediend en de ander niet. Na een tijdje wordt gekeken of de patiënten beter zijn. In schema ziet het onderzoeksdesign er als volgt uit:

                                     t₁                      t₂ 
                    ___________________________

groep 1:       S            O₁         X         O₂
groep 2:       S            O₁                    O₂

waarbij:    S    =  selectie van de kenmerken
                 t₁   =  eerste tijdstip van meten
                 t₂   =  tweede tijdstip van meten
                 O₁  =  eerste meting of de voormeting
                 O₂  =  tweede meting of nameting
                  X   =  gebeurtenis

Op tijdstip 2 gaan we na of de patiënten van elkaar verschillen wat betreft hun ziektebeeld. Zijn de patiënten in groep 1 er beter aan toe dan de patiënten in groep 2, dan verklaren we dat door te zeggen dat dat komt omdat de patiënten in groep 1 de medicijnen hebben gehad.

Wat men met dit design beoogt, is het uitbannen van alternatieve verklaringen. Dit lukt niet altijd. Het effect bij groep 1 is mogelijk niet te wijten aan het medicijn, maar aan de extra aandacht die de patiënten hebben gekregen. Deze alternatieve verklaring kan met het bovenstaande design niet worden weerlegd of onderbouwd. Dit kan wel met ingewikkelder onderzoeksdesigns.

Verklarend onderzoek en evaluerend onderzoek hebben met elkaar gemeen dat ze - min of meer expliciet - een theorie veronderstellen. Dit is bij exploratief, beschrijvend en vergelijkend onderzoek niet - of in ieder geval veel minder - het geval. Daarvan zegt men vaak dat ze theorievormend zijn. Echter het selecteren van bepaalde kenmerken die men in het onderzoek op wil nemen, veronderstelt vaak ook al min of meer een theorie. Verklarend onderzoek is er veel meer op gericht een theorie te bevestigen of te weerleggen. Bij een evaluerend onderzoek is het bevestigen of weerleggen van een theorie er niet of niet zo sterk.