De MOA heeft op verzoek van zowel de opdrachtgevers als de opdrachtnemers binnen de MOA initiatieven ontplooid om te komen tot een onafhankelijke Geschillencommissie voor Marktonderzoek en statistiek. Deze onafhankelijke geschillencommissie staat onder leiding van een onafhankelijk jurist werkzaam bij Derks Star Busmann advocaten te Utrecht en wordt ondersteund door experts. De geschillencommissie beoordeelt klachten van zowel opdrachtgevers als opdrachtnemers binnen het werkveld van de marketing intelligence.
De klachten zijn alleen dan ontvankelijk indien deze betrekking hebben op de kwaliteit van het marktonderzoek. Bureauleden van de MOA zijn verplicht aan een dergelijke klachtenprocedure mee te werken. De geschillencommissie werkt op basis van een door de ledenraad op 11 december 2007 goedgekeurd geschillenreglement. Dit reglement bevat de spelregels voor de partijen die betrokken zijn bij een kwalitatief conflict. Een belangrijk uitgangspunt voor de geschillencommissie is dat zijn nooit oordeelt over andere zaken dan de geleverde kwaliteit van het markt- of opinie onderzoek. Zij doet derhalve geen uitspraken over schadevergoedingen of gederfde kosten.